주가에 대한 인과 관계는 다양하기 때문에 법원에서 손해를 인정받기는 쉽지 않다. 다만 삼성증권의 경우 직원들의 매도 행위로 실제 수급 상 주가하락에 직접적인 영향을 준 점이나 사고 전후의 주가 흐름, 타 증권사 주가와의 비교 등을 통해 절반의 배상 책임이 인정됐다.

특히 사건 이후에 감독원에서 내부통제 점검을 실시한 결과 '우리사주 배당시스템의 내부통제 미비'로 책임이 있다는 결론을 지은 바 있다. 실제 발행주식총수보다 많은 주식수가 입고돼도 시스템상 오류 검증 또는 입력 거부가 되지 않은 것이다. 사내 방송시설이나 비상연락망도 제대로 갖추지 않아 사고대응도 미진했다는 지적을 받았다. 내부통제 부족으로 인한 삼성증권의 손실 규모는 계속 커지고 있다. 민사재판 1심에서는 서울중앙지법이 주식을 매도한 직원들에 대해  피해액 95억원의 절반인 약 47억7000만원을 배상하라고 판결했지만, 최종적으로 총 20억원을 배상하기로 조정이 이뤄졌다. 구상권 청구는 마무리됐지만 약 75억원의 직접적인 피해액과 더불어 과태료, 주가 피해액에 대한 배상까지 부담이 늘었다. 

이번 삼성증권의 배상 판결은 금융사가 제대로된 내부통제 시스템을 갖추지 못해 일어난 사고와 이에 따른 평판훼손, 주가 하락에 대한 직접적인 책임을 물은 사례로 함의가 크다고 볼 수 있다. 다른 금융사도 직원의 일탈행위나 전산 시스템 상의 오류, 사고 대응 방법 등 체계가 부족해 회사의 주가가 하락하는 등 투자자에게 손해를 끼쳤을 때 책임을 물을 수 있다는 것이다.

실제 삼성증권의 사고 이후 증권사들은 '매매주문 접수 처리 개선' 등 개선사항을 이행하면서 내부통제를 강화시켰다. 이번 판결로 주가에 대한 손해액까지 배상할 수 있다는 책임이 지워지면서 증권사들이 내부통제에 더욱 힘을 실을 것이라는 해석도 나온다. 삼성증권이 항소심에 나설 방침으로 알려져 최종 판결까지는 다툼이 이어질 것으로 보이지만 금융사들에게 내부통제에 대한 긴장감을 안겨준 것은 분명해 보인다.